Способи за сравнение на ДНК и протеинови последователности Изготвил: ФлексиПро ООД
Цел на дипломната работа да се изследват методите и алгоритмите за подреждане на биологични молекулни последователности и да се създаде софтуерно приложение, което да използва популярен математически модел за бърз и качествен анализ page 2
Литературен обзор на методи и алгоритми за анализ на биологични последователности; Анализ на методите; Избор на платформа и разработване на софтуерно приложение на базата на анализа. Задачи на дипломната работа page 3
ДНК и РНК секвенции Дефиниция Откритие Измерване Състав Молекулите ДНК съдържа информацията, която е необходима на клетките в организмите, да синтезират протеин и да се репликират от Уотсън- Крик през 1953 година и от тогава е известна като структура с двойна спирала. според броя на базовите двойки, от които се състои като мерната единица е kbp или mbp състои се от битове, които са навити плътно на спираловидни намотки, които се наричат хром озоми дълги и ако се опишат всички бази на човешкия ДНК с нуклеотидите си като A, C, T и G, то ще се получи израз с над 3 милиарда букви page 4
Подреждане на две последователности Матричен Алгоритъм за Методи Word анализ на точки (dot matrix динамично програмиране (или DP или k-tuple, (използват се в FASTA и BLAST) Може да се извършва по следните методи analysis) dynamic programming) page 5
Множествено подреждане на последователности При многократно подреждане на три или повече протеинови последователности могат да се идентифицират остатъци, които определят структурни и функционални домейни в протеиновите семейства. page 6
Сравняване на последователности с точкови матрици Всяка лаборатория, която прави анализ на последователността, трябва да има на разположение поне една матрична софтуерна програма с най-малко следните изисквания: Точковата матрица трябва да се вижда на компютърния терминал, като по този начин се осигурява интерактивна среда, така че да могат да се изпробват различни видове за анализи; Използването на цветни точки може да подобри откриването на области на сходство. page 7
Unique First to Market Анализ с точкова матрица на ДНК Анализ с точкова матрица на АК Tested Authentic Сравнение на последователно сти по двойки Анализ чрез точкова матрица на човешки LDL рецептор page 8
Глобални и локални подравнявания с динамично програмиране Глобално подравняване алгоритъм Needleman-Wunsch Локално подравняване алгоритъм Smith-Waterman page 9
Критериите за избора на софтуерния стек за приложението: Популярни езици за програмиране, които не изискват компилация; Лесно за инсталиране; Лесно редактиране на кода; Възможност да работи на всякаква машина Избраната платформа трябва да отговаря на следните критерии: Да не изисква инсталация на устройството; Да може да работи в уеб браузър; Да предлага възможност за работа на уеб сървър Apache с ОС Linux или Windows, които с едни от найразпространените уеб решения в света. Софтуерна платформа page 10
Значението на тези изследвания може да доведе до пробиви в лечението на някои заболявания, които към момента са трудно или нелечими. Тези изследвания могат да имат значение в борбата с глобалните пандемии. Създаденото приложение показва, че с прости средства могат да се разработват компютърни програми за анализ, който да подпомага биолозите в техните проучвания. Дипломната работа предоставя възможност за надграждане и последващи изследвания и разработки на тази база, за да се създават посложни алгоритми, и на базата на Изкуствен интелект за оценка на получените резултати. page 11
Благодаря Ви за вниманието! ФлексиПро ООД +359 897 523 442 Office@flexyprobg.com page 12